Sinh ra tại Sapporo, Nhật Bản, Iwata đã có một niềm đam mê mãnh liệt đối với trò chơi điện tử ngay từ khi còn nhỏ và ông đã tạo ra trò chơi đơn giản đầu tiên của mình khi còn học trung học. Ông theo học chuyên ngành khoa học máy tính tại Viện Công nghệ Tokyo. Năm 1980, ông gia nhập công ty phát triển game HAL Laboratory khi vẫn còn đang học đại học. Trong những năm đầu của mình tại HAL Laboratory, ông làm việc với tư cách là một lập trình viên và hợp tác chặt chẽ với Nintendo, cùng sản xuất ra trò chơi thương mại đầu tiên vào năm 1983. Các tựa game đáng chú ý mà ông đã góp phần phát triển tại HAL là EarthBound và Kirby. Sau khi công ty gánh chịu thiệt hại trong cuộc suy thoái và gần như phá sản, Iwata trở thành chủ tịch của HAL Laboratory vào năm 1993 dưới sự khích lệ của Chủ tịch Nintendo lúc bấy giờ là Hiroshi Yamauchi và ông đã mang đến một sự ổn định về tài chính cho công ty. Trong những năm tiếp theo, ông hỗ trợ trong việc phát triển tựa game Pokémon và Super Smash Bros. Iwata gia nhập Nintendo với vai là trưởng bộ phận lập kế hoạch doanh nghiệp vào năm 2000.

Nintendo sớm nhìn ra sự phát triển vượt bậc của công ty với sự trợ giúp của Iwata và khi Yamauchi chính thức nghỉ hưu, ông đã được lựa chọn để trở thành chủ tịch của tập đoàn vào tháng 5 năm 2002. Dưới sự lãnh đạo của Iwata, Nintendo đã phát triển dòng thiết bị chơi game Nintendo DS và Wii, giúp toàn công ty giành được thành công rất lớn về doanh thu. Tự nhận mình là một game thủ, Iwata tập trung vào việc mở rộng sức hấp dẫn của trò chơi điện tử đến với đông đảo đối tượng khách hàng thông qua chiến lược đại dương xanh. Toàn công ty đạt mức lợi nhuận kỷ lục vào năm 2009, ngay năm đó, tờ báo Barron's đã đưa Iwata vào danh sách 30 CEO hàng đầu thế giới. Iwata sau đó tiếp tục mở rộng chiến lược đại dương xanh bằng việc định nghĩa chất lượng của cuộc sống đối với dòng sản phẩm Wii để sau đó xây dựng nên một chiến lược kinh doanh kéo dài 10 năm để tạo ra những sản phẩm độc nhất trên thị trường. Những năm tiếp theo, những sản phẩm phần cứng như Nintendo 3DS và Wii U đã không đạt được mức lợi nhuận như mong muốn so với Wii, khiến cho doanh thu của Nintendo giảm mất hai phần ba từ năm 2009 cho đến năm 2012, và đây cũng là lần đầu tiên công ty phải chịu lỗ trong suốt 30 năm qua. Iwata tự nguyện xin cắt giảm lương của chính mình còn một nửa vào năm 2011 và 2014. Đến năm 2015, sau một thời gian dài chịu thua lỗ, Iwata đã thay đổi cơ cấu lĩnh vực hoạt động, hướng Nintendo tập trung nhiều hơn vào thị trường mobile game đang phát triển rất nhanh vào lúc bấy giờ; và ngay sau đó công ty đã đạt được một thỏa thuận hợp tác với nhà phát triển di động DeNA vào tháng 3 cùng năm. Trong suốt sự nghiệp của mình, Iwata đã xây dựng một mối quan hệ rất chặt chẽ với những người hâm mộ của Nintendo thông qua phương tiện truyền thông và các buổi Hỏi đáp Iwata và Nintendo Direct, điều đó giúp ông trở thành một gương mặt tiêu biểu đối với cộng đồng của cả công ty.